وأنشئت جائزة شنقيط في العام 2001 بقرار من الرئيس الأسبق معاوية ولد الطايع، وتبلغ قيمة كل فرع من فروعها خمسة ملايين أوقية، وتهدف للمساهمة في تعميق البحث في حقول الدراسات الإسلامية والعلمية والأدبية والنهوض بها.

ويتولى إدارة جائزة شنقيط أمينها الدائم تحت إشراف مجلس الجائزة الذي يضم إضافة إلى رئيسه تسعة أعضاء يعينون بموجب مرسوم رئاسي لمدة أربعة أعوام.